Asamblea General de Delegados
Es la autoridad suprema de la cooperativa, decide sobre la marcha institucional de la misma hacia el logro del objeto social establecido, aprueba o desaprueba la gestión del consejo de administración, consejo de vigilancia, demás comités y gerencia general; sus acuerdos obligan a todos los socios, presentes y ausentes. Está constituida por 93 delegados hábiles que representan a 1021 socios caficultores.
Consejo de Administración
Es el órgano responsable de la dirección y el funcionamiento administrativo de INPROCAFE, cumple y hacer cumplir la ley, el estatuto, las decisiones de la Asamblea General, los reglamentos internos y sus propios acuerdos. Está constituido por tres miembros titulares y un suplente.
Consejo de Vigilancia
Es el órgano de gobierno encargado de fiscalizar las actividades de la cooperativa. Encargado del control legal de acuerdo a las leyes y normas internas vigentes; del control de la veracidad de la información presentada y el control de los bienes de la cooperativa. Está integrado por tres miembros titulares.
Comité de Educación
Es el órgano encargado de planificar y organizar programas de educación cooperativa. Difunde entre los socios la información más adecuada y capacita a los mismos para la toma de decisiones que permitan el logro de la eficacia cooperativa. Está conformado por tres miembros titulares.
Comité Electoral
Es el órgano encargado de organizar y conducir los procesos electorales que se efectúen en la cooperativa, goza de autonomía. Está conformado por tres miembros titulares.
Comité de Género
Es el órgano encargado de implementar el enfoque de género en empresa cooperativa, identificando características y necesidades, promoviendo la representatividad y participación en espacios de decisión, sensibilización, desarrollo de capacidades y fortalecimiento de liderazgos, además de la participación económica.
Comité de Juventud
Es el órgano encargado de promover la incorporación de jóvenes y el relevo generacional para garantizar la sostenibilidad de la empresa cooperativa, promueve la participación de jóvenes en todos los espacios de decisión.